Na łamach flagowego czasopisma wydawnictwa the Royal Society of Chemistry - Chemical Science, ukazała się praca pt. Mining anion–aromatic interactions in the Protein Data Bank, której współautorami są mgr Emilia Kuźniak-Glanowska i dr hab. Robert Podgajny, prof. UJ z Zespołu Nieorganicznych Materiałów Molekularnych Wydziału Chemii UJ. Artykuł powstał w ramach realizacji interdyscyplinarnego programu studiów doktoranckich InterDokMed.
Zespół projektowy pod kierunkiem dr hab. Roberta Podgajnego i prof. dr hab. Andrzeja Bojarskiego (Instytut Farmakologii PAN) dokonał kompleksowego przeglądu bazy danych strukturalnych Protein Data Bank (PDB) pod kątem statystycznej lokalizacji anionów względem ogółu 5- i 6-członowych pierścieni aromatycznych oraz ich wzajemnych oddziaływań. W efekcie prac wyróżniono trzy odrębne obszary akumulacji anionów względem pierścienia oraz wykonano porównawczy opis preferencji obsadzenia tych obszarów przez różne ugrupowania anionowe. Dokonano też szczegółowej analizy sekwencji i struktury drugorzędowej, m.in. w pętlach GNRA oraz w strukturach helikalnych RNA i białek. Uzyskane wyniki stanowią istotny przyczynek do rozwoju procedur systematycznej analizy danych PDB w kontekście aktywności biologicznej molekuł, a jako czysto praktyczny wynik badań opracowano, przetestowano i udostępniono bezpłatnie pod adresem https://github.com/chemiczny/PDB_supramolecular_search nowe źródło kodu do przeglądu bazy PDB.
Wszystkim autorom serdecznie gratulujemy!
Przeszukiwanie i analiza danych PDB zostały sfinansowane w ramach projektu nr POWR.03.02.00-00-I013/16 oraz wsparte ze środków Infrastruktury PLGrid. Artykuł dostępny jest w formacie Open Access.
Zgodnie z wykazem czasopism naukowych i recenzowanych materiałów z konferencji międzynarodowych Ministerstwa Edukacji i Nauki liczba punktów przypisana czasopismu Chemical Science wynosi 200 (Impact Factor czasopisma to 9.825).
Chem. Sci., 2022, 13, 3984–3998
